В период между съездами деятельностью НОП руководит Центральный комитет. Для более конкретного руководства вопросами внутренней и внешней политики при ЦК НОП созданы комиссии по вопросам финансов и контроля, обороны и безопасности, по делам общин, по иностранным делам, по прессе и пропаганде, по культуре и национальной ориентации. В период между пленумами руководство деятельностью партийных организаций осуществляет назначаемое председателем партии из числа членов ЦК Политбюро ЦК НОП.
Партия строится по территориальному принципу. Ее основу составляют местные отделения НОП, созданные во всех кварталах столицы и в основных населенных пунктах страны. Их работой руководят комитеты, избираемые членами местных отделений НОП. В армии и полиции всякая политическая деятельность запрещена, поэтому военнослужащие, служащие полиции и сил безопасности не могут состоять в рядах НОП.
В своей деятельности партия опирается на другие общественные организации — профсоюзы и женскую. Наиболее массовой организацией являются профсоюзы. К моменту провозглашения независимости в Джибути функционировали два основных профсоюзных объединения — Всеобщая конфедерация трудящихся и Национальная федерация профсоюзов трудящихся. В апреле 1979 г. произошло их объединение во Всеобщий союз джибутийских трудящихся (ВСДТ). Находясь под контролем министерства труда и социального обеспечения, ВСДТ объединяет в своих рядах около 20 тыс. трудящихся, занятых на предприятиях с числом работающих на них не менее 11 чел.