Председателем НОП в соответствии с уставом является президент республики. Он имеет нескольких заместителей. Под его же руководством работает генеральный секретарь НОП. Высшим органом партии является съезд, созываемый один раз в три года. Он заслушивает и утверждает отчет генерального секретаря, пересматривает и утверждает программу и устав партии, определяет линию партии по вопросам внутренней и внешней политики, избирает Центральный комитет.
С момента создания НОП было проведено четыре съезда. Последний состоялся 1—3 марта 1988 г. Основное внимание на нем, как и на предыдущих, было обращено на необходимость превращения партии в движущую силу экономического развития страны. Отметив факт уменьшения притока иностранной экономической помощи, съезд выразил намерение поддерживать частную инициативу в области экономики независимо от того, исходит ли она от джибутийского или иностранного инвеститора. Цель такой политики заключается в том, чтобы более эффективно вести борьбу с безработицей, особенно среди молодежи. Вместе с тем съезд обратился к международному сообществу и международным организациям с призывом предпринять соответствующие меры по снижению задолженности, в частности по списанию долга наименее развитых африканских государств, а также по превращению этой задолженности в безвозмездные дары.