В рассмотрении дел в государственных судах, как правило, участвует подчиненный министру юстиции и мусульманских дел генеральный прокурор республики или один из его заместителей, задачей которого является поддержание обвинения против подсудимого. По желанию обвиняемый имеет право обратиться за помощью к адвокату, но это сопряжено с большими финансовыми затратами, так как в стране есть только частная адвокатская практика.
Следует при этом заметить, что в государственные суды население обращается весьма редко, а все юридические вопросы предпочитает решать в созданных в центре и на местах шариатских судах, где они рассматриваются в соответствии с нормами шариата и положениями Корана. В центральный шариатский суд входят кади Джибути, его заместитель и руководитель административной службы мусульманской организации. Последний осуществляет руководство созданными в 1984 г. шариатскими судами округов, решения которых могут быть им обжалованы. В функции этой категории судов входят регистрация браков и разводов с выдачей соответствующих свидетельств, которые затем в обязательном порядке должны регистрироваться в государственных органах, рассмотрение семейных споров, вопросы охраны детей и их материального обеспечения, а также рассмотрение незначительных уголовных и гражданских дел. Вопросы взаимоотношений между кочевниками рассматриваются, как правило, вождями племен на основе исторически сложившегося традиционного права.