Характерная особенность судебной системы Джибути состоит в том, что, сформировавшись задолго до провозглашения независимости, она базируется на трех системах права — исторической, или традиционной, сложившейся на основе племенных обычаев, мусульманской (шариат) и французской.
Высшая судебная инстанция — Верховный суд. В его функции входит рассмотрение обжалований на решения всех судов, кроме трибунала безопасности и Верховного суда юстиции, по любым вопросам уголовного, гражданского, административного и торгового права. Он включает председателя суда, назначаемого декретом президента, четырех профессиональных судей, а также двух заседателей с правом совещательного голоса, из которых один является специалистом в области мусульманского (шариат), а другой — традиционного права.
Специальный уголовный суд рассматривает особо опасные уголовные преступления. Трудовые конфликты разбираются судом по вопросам труда. Для рассмотрения дел, касающихся посягательств на государственную безопасность, общественный порядок и интересы республики, учрежден трибунал безопасности. В компетенцию Верховного суда юстиции, состоящего из палаты первой инстанции и апелляционной палаты, входит рассмотрение гражданских и уголовных дел, касающихся государственных служащих, государственных предприятий и учреждений, общественных организаций и торговых компаний, в которых более половины капитала принадлежит государству.