В своей повседневной деятельности, которая осуществляется под руководством министра внутренних дел, комиссары республики — начальники округов и их заместители — опираются на органы местного самоуправления — муниципалитеты, избираемые населением данной административной единицы на муниципальных выборах. Предоставляемая муниципалитетам административная и финансовая автономия позволяет им оказывать определенное влияние на экономическое, культурное и социальное развитие округов.
Столица — г. Джибути включает четыре района: Джибути-центр, Джибути-север, Джибути-юг и Амбули, а они, в свою очередь, разделены на 15 кварталов. Наиболее крупные периферийные населенные пункты Арта, Холь-Холь, Али Адде, Ас-Эла, Йобоки, Ранда, Дорра и Алаили Дада имеют статус административных постов, включающих все другие близлежащие мелкие населенные пункты. Во главе всех административных единиц находятся назначаемые правительством и работающие под непосредственным руководством комиссара республики начальники соответствующих районов, кварталов и постов. Эффективным инструментом воздействия правительства на население, особенно на кочевников, остается институт племенных вождей. Учитывая их традиционный авторитет среди соплеменников и довольно сложную среди них иерархию, члены правительства при посещении периферийных районов считают своим долгом встретиться с вождями и почетными людьми племени, чтобы добиться их расположения и поддержки, а по возможности и привлечь их к работе в органах государственного управления.