В соответствии с принятым в начале 1985 г. Национальным собранием законом о порядке замещения поста президента в случае его отставки, смерти или по другой уважительной причине его функции в течение 35 дней исполняет председатель верховного суда Джибути. В течение этого срока должна быть проведена подготовка выборов нового президента, а в составе правительства запрещается в этот период осуществлять какие-либо перестановки.
В отсутствие президента его функции исполняет премьер-министр (в настоящее время Баркат Гурад Хамаду). Непосредственно на премьер-министра возложены обязанности по разработке и руководству реализацией программ экономических мероприятий, осуществлению контроля за обеспечением социально-экономического развития всех округов страны.
Кроме президента и премьер-министра, в правительство входят министры юстиции и мусульманских дел, иностранных дел и сотрудничества, внутренних дел и связи, национальной обороны, финансов и национальной экономики, торговли, транспорта и туризма, образования, по делам молодежи и спорта, здравоохранения и социальных дел, труда и социального обеспечения, по делам государственных служащих и административных реформ, общественных работ, городского и жилищного строительства, промышленности и промышленного развития, сельского хозяйства и сельского развития.