Обнаружив в 1880 г. глубоководную и удобную бухту на южном побережье Таджурского залива около совершенно пустынного места, которое коренные жители называли Габути или Жибути, французы сразу же стали использовать ее для захода своих кораблей. Началось строительство морского порта. За моряками начиная с 1883 г. последовали и коммерсанты. Началось строительство города, в котором стали быстро открываться французские, греческие, армянские, индийские и арабские торговые фирмы и магазины. В 1888 г. из Обока в Джибути переехал губернатор колонии со всем своим управленческим аппаратом, а в 1892 г. новый город был официально объявлен административным центром колонии, получившей 20 мая 1896 г. название Французский Берег Сомали (ФБС) и прилегающие территории. Ее политическим, административным и экономическим центром стал г. Джибути. В нем были учреждены иностранные консульские представительства, в том числе и России.
Будучи расположенным на границе Красного моря и Индийского океана, город сразу же стал ключевым военно-стратегическим пунктом в этом районе земного шара. Учитывая это обстоятельство, Франция приступила к строительству в этом городе военно-морской базы, постепенно превращая его в плацдарм для завоевания восточноафриканских рынков.
Поскольку транспортировка грузов на верблюдах между Аддис-Абебой и побережьем Индийского океана требовала длительного времени, обходилась слишком дорого, а объем товарооборота непрерывно возрастал, Эфиопия в марте 1894 г. согласилась на строительство совместно с Францией узкоколейной железной дороги от Джибути до Аддис-Абебы.