Наиболее сильным ударом для местного населения стало то, что зоны их традиционных пастбищ оказались поделенными между двумя, а то и тремя государствами, что серьезно затруднило жизнь кочевников-скотоводов.
Установление французского колониального господства в Джибути, хотя и обусловило падение авторитета и влияния на местное население традиционных вождей, не привело, однако, к распаду ранее существовавших на этой территории мусульманских государственных объединений, в частности афарских султанатов. Отстаивая свои права, афары и исса оказывали порой довольно сильное сопротивление колонизаторам и таким образом препятствовали их продвижению в глубь континента. Пришельцы не чувствовали себя в безопасности даже в городах. Наибольшую ненависть к ним проявляли исса. Опасаясь нападений со стороны представителей этих племен, французы строили массивные каменные дома с железными дверями. Они вынуждены были постоянно иметь при себе огнестрельное оружие, а по ночам выставлять охрану около своих жилищ.
Приступив к освоению территории, французы обнаружили, что глубина морского порта Обока не позволяет принимать крупнотоннажные суда. Караванный путь из Обока в Эфиопию через горные массивы Года и Мабла оказался трудным и длительным, а горный рельеф местности исключал строительство железной дороги в этом районе.