Хотя на территории Джибути никогда не проводилось систематической геологической разведки полезных ископаемых, специалисты считают, что ее подземные кладовые небогаты минеральными ресурсами, за исключением сырья, которое может быть использовано в качестве строительных материалов. Большие запасы глины и известняка, и к тому же высокого качества, находятся в районе Али-Сабие. У озера Ассаль имеется гипс. Крупное месторождение перлита расположено недалеко от губы Губет-аль-Хараб, в горном массиве Эжерлета.
Залежи пемзы, пуццоланов и других горных пород, используемых в качестве наполнителей при производстве цемента и бетона, обнаружены как в южных, так и в северных районах страны. Неисчислимы запасы соли в Аденском и Таджурском заливах, в озерах Ассаль и Аббе. Громадные залежи каменной соли встречаются в горах, возвышающихся порой на несколько сот метров над уровнем моря. Найдены запасы меди и марганца, но они настолько малы, что их промышленная разработка признана нецелесообразной.
Одним из основных природных богатств Джибути являются геотермальные источники. Их выходы на поверхность отмечаются в районе между Таджурским заливом, губой Губет-аль-Хараб и озером Ассаль. Горячие источники, температура воды в которых достигает 70-80° С на глубине 500 м и 200-300° С на отметке 4000 м, пробиваясь на поверхность земли, несут с собой такой заряд тепловой энергии, что на них можно построить несколько электростанций. Причем в указанных районах эти запасы, по заключению специалистов, практически неисчерпаемы.