Через территорию Джибути пролегает маршрут большого количества разнообразных видов перелетных птиц, особенно водоплавающих. Однако и местный мир птиц весьма разнообразен. В лесу Дай, например, встречаются такие, которых нет ни в каких других районах земного шара. Однако изучены они далеко не все — всего лишь менее 250 видов. Из пернатых наиболее распространены грифы, морские орлы, цапли, чибисы, пеликаны, дрофы. В западной части страны, севернее г. Обок, встречаются страусы, на озере Аббе — розовые фламинго. В степных районах, где растут различные виды акаций и трав, преобладают бегающие и зерноядные птицы. Среди них можно встретить ткачей, канареек, пиренейских рябчиков.
Все птицы, как правило, имеют красивое яркое оперение. Гнезда начинают вить в феврале—марте, причем самой разнообразной архитектуры. Входы в гнезда многие мелкие птицы делают не сверху и не сбоку, а снизу, чтобы защитить птенцов от солнца. Порой гнезда вьются на качающихся длинных и тонких ветках, что не дает возможности разного рода хищникам подбираться к птенцам. Некоторые виды более крупных птиц делают гнезда в углублениях отвесных скал, подобраться к которым практически невозможно.
В стране обитает множество малоизвестных бабочек и насекомых. Большое их разнообразие было выявлено в результате двух экспедиций, осуществленных в 1976 и 1982 гг. в лесу Дай. В настоящее время в этом лесу, по далеко не полным данным, насчитывается до 150 видов ночных бабочек и мотыльков, появляющихся в течение двух месяцев в году, и до 50 различных однодневных насекомых, которые, как полагают специалисты, наносят большой ущерб сельскому хозяйству.