Животный мир Джибути еще недостаточно исследован. Можно предположить, что когда-то он был весьма разнообразным, но сейчас в значительной степени уже истреблен. На территории страны давно нет ни одного льва. Редко можно увидеть каракола — степную рысь. На юго-западе Джибути осталось несколько гепардов, а в горах Года и Мабла еще сохранились пантеры. Хотя и их осталось очень мало. Мелкие хищники представлены медоедами, многочисленными видами лангуст и трупоядными млекопитающими, особенно гиенами, которые, так же как и шакалы, распространены во многих районах. Наибольшее зло людям, особенно скотоводам, приносят шакалы. Нападая на молодых козлят и ягнят, они доставляют много хлопот кочевникам. Чтобы уберечь мелкий рогатый скот от хищников, афары, например, строят небольшие, но крепкие каменные сооружения высотой до 1 м, куда на ночь загоняют молодняк, а днем сами охраняют животных от нападения шакалов.
Учет млекопитающих животных до конца еще не произведен, но уже сейчас известно около 20 их видов, среди них два вида обезьян, пантеры, антилопы сасса, которые особенно в большом количестве обитают в горном массиве Года. Во многих местах попадаются газели и антилопы — от редкого вида куду до карликовых. Встречаются бородавочники (дикие африканские кабаны), сахарские лисицы. Разнообразен мир пресмыкающихся, особенно во внутренних районах. Здесь можно встретить питонов, кобр, гадюк, различных ящериц. В лесу Дай, например, был пойман варан, длина которого достигала 1,5 м.